El primer Presidente de la ANCYT fue el Dr. Manuel Vegas Vélez, biólogo marino, quien dirigió los destinos de la institución hasta 1995. Le sucedió el Dr. Benjamín Marticorena, físico experimental, quien desempeñó el cargo hasta 1998. El trienio 1998 - 2001 se inició con la Presidencia del Dr. Ramiro Castro de la Mata, Medico farmacólogo, quien renunció al cargo meses después por causas de fuerza mayor y terminó el periodo su Vicepresidente, Dr. Oscar Valverde Ayala, matemático. El Ing. Gerardo Ramos Cabredo, matemático, asumió la presidencia durante el periodo 2001 - 2004. De 2004 al 2007 y de 2007 a 2010 fue presidente el Dr. Oscar Valverde, matemático.

Consejo Directivo: Periodo abril 2010 - 2013.